В настоящее время установлено, что на поверхности слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта и дыхательных путей имеются вещества, которые не допускают возникновения заболевания, несмотря на наличие большого количества микроорганизмов.
Защитные механизмы полости рта делятся на две группы: неспецифические факторы защиты, действующие вообще против микроорганизмов (чужеродных), но не против конкретных представителей микрофлоры, и специфические (специфическая иммунная система), влияющие только на определенные виды микроорганизмов.